1. Quelques définitions
Un Microbiote est une communauté de microorganismes (Bacteria, Archaea, Fungi et autres micro-Eukaryota), vivant sur différents supports. Si le support est un organisme (un hôte), cette association hôte-microbiote est appelée Holobionte. Par exemple, l'holobionte humain inclut l'organisme humain et tous ses microbiotes particuliers (peau, apppareils respiratoire et digestif...). Concernant le Microbiome, vous pourrez trouver une définition issue de l'Ecologie - la science qui étudie les relations entre les êtres vivants, et entre les êtres vivants et leur habitat (ne pas confondre l'habitat avec la notion de "niche écologique") - et une définition issue de la Génomique (pour plus de détails, n'hésitez pas à me contacter).
2. Analyses effectuées...
Généralement, les données décrivent l'effet d'un facteur particulier (molécule, paramètres physico-chimiques) sur la Composition et/ou les Fonctions d'un Microbiote (peau, apppareils respiratoire ou digestif, nourriture, station d'épuration, biofilms de rivière...). A partir de ces données brutes, les analyses bioinformatiques et statistiques de MicrobiomEcology vont donner différentes conclusions/hypothèses concernant la biologie et/ou l'écologie de l'écosystème étudié. Ces analyses peuvent concerner des Holobiontes (Hôte + Microbiote) ou peuvent se concentrer sur le Microbiote ou sur l'Hôte uniquement. De plus, MicrobiomEcology garantit de fournir des hypothèses fondées, y compris dans des domaines assez particuliers : Métabolites secondaires et voies métaboliques associées, Micromycètes, Mycobiomes...
3. ...en utilisant des compétences et des connaissances nécessaires pour décrypter un écosystème microbien
- Statistiques (1998-2004, 4 diplômes : 3 mentions Bien et 2 fois Major de la promotion (2000 et 2004))
- Ecologie (1998-2004, 4 diplômes : 3 mentions Bien et 2 fois Major de la promotion (2000 et 2004))
- Microbiologie/Biochimie (2004-2008, Master de Microbiologie-Immunologie et Thèse de Biochimie avec la mention Très honorable)
- Bioinformatique (2015, certificat de compétences)
- Expérience en analyse de différents microbiotes et holobiontes depuis 2013 : microbiotes humains (appareils respiratoire et digestif, peau), biofilms de rivière, microbiote intestinal de souris
- Expérience et connaissances en Mycologie (micromycètes) et Métabolisme secondaire : étude de la mycotoxinogenèse (Trichothécènes de type B) chez Fusarium graminearum (Barreau et al., 2007), enseignements de Mycologie dispensés durant 50 heures de Travaux Pratiques (Université de Bretagne Occidentale et Université Clermont Auvergne), étude du mycobiote de biofilms de rivière (article en préparation).
4. Exemples de réalisations
4.1 Relations interspécifiques potentielles entre espèces bactériennes du microbiote respiratoire (Bernarde et al., 2015)
